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发展低级畜牧业是促进地方经济特别是农村经济增长的重要途径，在新农村建设中发挥着不可替代的作用。但是，下层畜牧业往往不注重情况覆盖，保护和可持续增长理念的落实和实践不到位，不能兼顾经济、产业生态和形势，形成不平衡增长趋势。有必要对其进行改进，加强畜牧业的形势覆盖。
低级畜牧业主要存在以下问题：一是粪便污染。低级畜牧业的不断增长意味着在科学的耕作方法下耕作规模的逐步扩大。
但是随着养殖量的增加，相应的粪便量也会显著增加，会造成不可忽视的影响和污染。如果对粪便处理的处罚不科学、不充分，随意堆放、排放粪便，会污染水和空气条件，甚至造成细菌污染。第二，药物残留。许多下层农民缺乏足够的科学知识，对合理用药的认识不到位。
有一个误区，就是用的药越多越好。这就导致了低级畜牧业滥用药物，在饲料中添加药物。
动物不能完全吸收药物，滥用药物时，大量药物会随粪便挤出，严重影响情况，尤其是水资源的宁静和质量会受到极大威胁，同时细菌更容易产生耐药性，威胁人类健康。第三，饲料残渣。过度使用和滥用畜牧饲料会导致动物不能完全吸收的微量元素过量。
这些微量元素会被动物粪便挤出来，污染土壤，影响生态状况。特别是当饲料中的蛋清含量不达标时，动物体内不能残留氨基酸，会被分析排除，造成饲料利用率低，污染。此外，即使是谷物饲料也含有动物无法吸收的植物磷，被动物推出后也会造成一些污染。
第四，空气污染。反刍动物瘤胃微生物发酵会产生甲烷、氨等温室气体。随着低级畜牧业的不断扩张，反刍动物的数量增加，会排放大量的温室气体。第五，动物疾病。
动物疾病对下层畜牧业构成巨大威胁，不仅会影响养殖效率，还会造成污染，更有可能对人类生命健康构成威胁。大规模动物疫病发生后，如果不能实时举行科学处置的处罚，动物尸体将被随意丢弃掩埋，必然导致严重污染。
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